Pembentukan Fakultas Kelautan dan Perikanan Universitas Syiah Kuala (USK) dimulai dengan inisiatif dari Rektor USK yang mengeluarkan SK Rektor No. 042 tahun 1997 pada tanggal 4 Maret 1997, yang mendirikan Pusat Studi Ilmu Kelautan (PSIK). Pusat studi ini kemudian diperpanjang melalui SK Rektor No. 328 tahun 2000 pada tanggal 2 Agustus 2000. Tugas utama dari pusat studi ini adalah mempersiapkan pembukaan program studi baru, seperti Program Studi Ilmu Kelautan, Oseanografi, dan Perikanan.

Melalui berbagai upaya yang dilakukan, Program Studi Ilmu Kelautan akhirnya memperoleh izin penyelenggaraan pada tanggal 4 Agustus 2003 dari Dirjen DIKTI, berdasarkan SK No. 1615/D/T/2003 tanggal 31 Juli 2003. Program studi ini kemudian ditempatkan di bawah Fakultas MIPA USK. Selanjutnya, pada tahun 2009, Program Studi Budidaya Perairan juga memperoleh izin penyelenggaraan dari Dirjen DIKTI melalui SK No. 975/D/T/2009 tanggal 18 Juni 2009, yang diikuti oleh penerbitan SK Rektor USK Nomor 437 tahun 2009.

Pada awal tahun 2010, Rektor USK membentuk Koordinatorat Kelautan dan Perikanan sesuai dengan SK Rektor USK No. 83 tahun 2010, dengan tujuan untuk mempersiapkan pendirian Fakultas Kelautan dan Perikanan di USK. Kedua program studi, Ilmu Kelautan dan Budidaya Perairan, yang sebelumnya berada di bawah Fakultas MIPA, kemudian bergabung di bawah Koordinatorat Kelautan dan Perikanan. Kemudian, Program Studi Pemanfaatan Sumberdaya Perikanan didirikan pada tahun 2012 berdasarkan SK Dirjen DIKTI No. 324/E/O/2012 tanggal 24 September 2012 dan SK Rektor No. 1051 tahun 2012 tanggal 22 Oktober 2012.

Setelah melalui berbagai upaya, Fakultas Kelautan dan Perikanan Universitas Syiah Kuala resmi didirikan pada tanggal 30 Januari 2014, berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Syiah Kuala No. 234 tahun 2014, yang mengacu pada Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 3 tahun 2014.